百邁客創(chuàng)始人兼董事長鄭洪坤先生
產(chǎn)研對話：SLAF-seq助力海洋生物基因組科研
海洋生物是生物學研究的重要領(lǐng)域，也是破解人類起源之謎的重要板塊。自1997年起，美國便開始有計劃的開展對羅非魚、對蝦和牡蠣等海洋生物的基因組研究，并且多個海洋藍藻基因組計劃也相繼啟動。雖然我國起步較晚，但目前也已啟動了扁藻、螺旋藻、牡蠣、對蝦等基因組計劃。正如相建海老師所說：由于海洋生物基因組大、雜合度高、拼接難度大成為了全球研究海洋生物基因組的最大困擾。
工欲善其事，必先利其器。為了破解凡納濱對蝦的基因組密碼以便更好地培育對蝦，實現(xiàn)其經(jīng)濟價值和生物研究價值，相建海老師在基因測序的道路上開始了新的征程。多次嘗試使用二代測序技術(shù)都沒有辦法完成對蝦的基因組圖譜的重組，但在一次偶然的機會下他發(fā)現(xiàn)來自百邁客公司自主研發(fā)的SLAF-seq技術(shù)可以很好的完成這一問題。該技術(shù)前期利用生物信息學方法，對目標物種的參考基因組（或已知BAC序列）進行系統(tǒng)分析，設(shè)計標記開發(fā)方案，后期根據(jù)前期的方案，構(gòu)建SLAF-seq文庫，篩選特異性長度片段進行高通量測序，將獲得測序深度和質(zhì)量滿足要求的SLAF片段來代表目標物種的全基因組信息。于是產(chǎn)研互助，世界上第一個凡納濱對蝦的基因組圖譜在我國率先完成了，很快也在國際期刊《scientific reports》雜志上發(fā)表這一重大成果，獲得了國際上認可。
自此，百邁客公司自主研發(fā)的SLAF-seq技術(shù)奠定了在海洋生物基因研究上不可或缺的重要地位。
共建共享：基因大數(shù)據(jù)平臺提高公共基因利用率
數(shù)據(jù)是觀測生物遺傳信息的重要基礎(chǔ)，不同生物的遺傳數(shù)據(jù)可謂是科研道路上必不可少的戰(zhàn)略性資源，但目前這種資源卻存在利用不足或者資源浪費的現(xiàn)象。
相建海老師對此提出了自己的建議：搭建生物大數(shù)據(jù)平臺勢在必行，這是發(fā)展海洋生物基因組學研究必不可少的事情。特別是如何共建共享生物領(lǐng)域的公共數(shù)據(jù)？如何利用數(shù)據(jù)不斷地更新迭代以完善生物基因組圖譜信息？更重要的是，如何把數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為生產(chǎn)力，服務生物經(jīng)濟的發(fā)展；如何將數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為科研動力，服務生物科研的前進。
面對這些問題，百邁客公司提出了自己的回答。而這一回答的答案便是：建立海洋生物基因大數(shù)據(jù)平臺。百邁客創(chuàng)始人兼董事長鄭洪坤先生為我們介紹到：自高通量基因測序發(fā)展的十幾年時間以來，業(yè)界已經(jīng)積攢了許多數(shù)據(jù)，但這些數(shù)據(jù)的公共利用率卻不是很高。據(jù)了解，面對海量的數(shù)據(jù)不知從何下手、有效的數(shù)據(jù)不能得到專業(yè)性的轉(zhuǎn)化成為了阻礙基因公共數(shù)據(jù)利用率的兩座大山。
既然問題已經(jīng)很明顯了，那解決問題就很容易了。鄭洪坤先生表示：讓數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)可用，讓可用數(shù)據(jù)有工具再利用便是這一大數(shù)據(jù)平臺搭建的出發(fā)點。
如何搭建這一大數(shù)據(jù)平臺，鄭洪坤先生及其團隊有著自己的步驟和想法，他告訴生物探索記者：首先，我們從海洋生物信息的科研需求入手，打造一個海洋生物多組學數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫包含了基因組、轉(zhuǎn)錄組、表觀組、代謝組、蛋白組等各種類型組學的數(shù)據(jù)，把科研所需的數(shù)據(jù)一網(wǎng)打盡，為科研人員提供多方位全覆蓋的幫助。在這里，不僅可以幫助科研人員減少測序成本的浪費，也能夠提高基因公共數(shù)據(jù)的利用率，為數(shù)據(jù)更新迭代做出努力。
第二，既然有了數(shù)據(jù)，如何才能把數(shù)據(jù)背后的價值挖得更加透？我們想要打造一個類似人工智能的交互平臺，依靠海量的基因公共數(shù)據(jù)，利用互聯(lián)網(wǎng)大數(shù)據(jù)算法技術(shù)，為科研人員提供相關(guān)建議和解決方案。例如，科研人員通過測序技術(shù)得出了海洋生物的一些數(shù)據(jù)，但并不清楚這些數(shù)據(jù)能為科研提供何種幫助。這時，大數(shù)據(jù)的交互分析便成為了科研亟需的工具了。它就像一個人工智能科學家，幫助你解讀數(shù)據(jù)信息，幫你找到合適的工具、甚至我們可以設(shè)想它能夠幫助你找到研究的新突破口。
基因+：產(chǎn)業(yè)化支撐海洋生物信息產(chǎn)業(yè)發(fā)展
如今，大數(shù)據(jù)平臺的正式成立成為了新的開端，至于以后的發(fā)展如何，鄭洪坤先生也表示將繼續(xù)依托“基因+”多元化的發(fā)展理念，將海洋生物基因組學的研究推向新的高潮。但要堅持這一發(fā)展理念，也存在重重困境。
首先是生物信息人才的流失。鄭洪坤先生表示：“為什么IT行業(yè)不存在人才流失呢？是因為產(chǎn)業(yè)的支撐能力。隨著產(chǎn)業(yè)的不斷發(fā)展，產(chǎn)業(yè)價值的不斷豐富，給足了在此行業(yè)的工作人員安定定求發(fā)展的信心。如果如果想要留住專業(yè)的生物信息人才，我目前能想到的方法還是以互聯(lián)網(wǎng)商業(yè)化的形式將他們留住。舉個例子，如果市場需要一個基因組的解讀軟件，而恰好由我們的專業(yè)團隊開發(fā)出來了，他們的付出就應該得到回報，而這個回報可以是金錢。隨著在市場上用這個軟件的人越來越多用，他能夠得到的回報也就更多，也讓他有更多的信心和動力去不斷地對此軟件進行更新迭代。通過商業(yè)化的模式，有投入有回報，持續(xù)迭代，就有可能將其發(fā)展成為一個具有市場強競爭力的產(chǎn)品。”
其次是商業(yè)模式的選擇。既然要用商業(yè)化的方式留住人才，也就逃不開談到平臺的盈利模式。與會期間也有很多科研學者建議將此作為免費的科研服務平臺，對此鄭洪坤先生也表達了自己的意見：“目前我們團隊所設(shè)想的盈利模式可能很貼近互聯(lián)網(wǎng)的盈利模式，是將其放置一個相對長時間的周期里面來看的。開始投入市場的時候，可能會是免費試用的模式。因為初出茅廬的我們需要的是流量和培養(yǎng)用戶的體驗感，讓用戶不斷地給我們提意見進行改進。當我們的改進達到穩(wěn)定可持續(xù)的狀態(tài)時，我們需要的便是用戶的黏度了，也就是當用戶真正認可了我們的服務與價值，也就會很自愿地對我們的產(chǎn)品買單。”
110102000668（1）號